CONTRAT DOCTORAL: Critères de sélection des poules pour améliorer leur résilience face aux vari[] at INRAE — NeverHard

Présentation INRAE L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi‑performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. Environnement de travail, missions et activités Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité mixte de recherche Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d’Élevage (UMRPEGASE), située en Bretagne, à 10km de Rennes. Des agents INRAE et Institut Agro y mènent des recherches et dispensent des formations en biologie animale et système d’élevage. Au sein de l’unité, l’équipe Génétique et Génomique Avicole (GGA) étudie, entre autres, le déterminisme génétique de l’adaptation des poules pondeuses à des environnements d’élevage innovants et durables. L’élevage des poules pondeuses en cage disparaît en Europe, au profit de systèmes alternatifs qui offrent des conditions de vie plus respectueuses du bien‑être des animaux. En2020, 52% des poules pondeuses étaient élevées dans des systèmes alternatifs à la cage en Union Européenne. Un arrêt de l’élevage en cage dans l’Union Européenne est même programmé à court terme suite à l’initiative citoyenne End the Cage Age. Dans ces systèmes alternatifs, les animaux sont plus exposés aux aléas qui perturbent leur milieu de vie, tel qu’un épisode de canicule ou l’émergence d’un virus. Il est donc crucial de sélectionner des animaux résilients, c’est‑à‑dire moins sensibles à ces perturbations. Grâce à de nouveaux outils de phénotypage à haut débit, tel qu’un nid électronique, nous avons accès à des informations permettant d’étudier les réponses des animaux aux aléas, comme des changements de rythmes de ponte, d’où des indicateurs de résilience peuvent être dérivés. Vous serez plus particulièrement en charge de : Proposer des critères de sélection pour améliorer la résilience des animaux à partir de ces données longitudinales de phénotypage. Explorer plusieurs indicateurs de résilience (logarithme de la variance des déviations, coefficient de normes de réaction, modélisation et paramètres de courbes, paramètres de la méthode UpDown, paramètres de la méthode GAMs…) et déterminer leurs paramètres génétiques (héritabilités et corrélations génétiques, y compris avec d’autres critères de sélection). Étudier le déterminisme génétique des caractères par détection de QTL. Effectuer des simulations permettant d’évaluer l’intérêt d’une sélection sur la résilience selon des scénarios différant en termes de fréquences et d’intensité de perturbations climatiques et sanitaires. Conditions Particulières d’activité Cette thèse repose sur un partenariat public‑privé entre INRAE et NOVOGEN, un sélectionneur de poules pondeuses (Plédran, France). La demande de financement de cette thèse sera soumise au dispositif des Conventions industrielles de formation par la recherche (Cifre; https://www.anrt.asso.fr/fr/le-dispositif-cifre-7844). Ce dispositif permet à l’entreprise de bénéficier d’une aide financière pour recruter un(e) doctorant(e) dont les travaux de recherche, encadrés par un laboratoire public de recherche, conduiront à la soutenance d’une thèse. Il est nécessaire d’avoir déjà identifié un(e) candidat(e) qui déposera le dossier de demande de CIFRE. Durant sa thèse, le/la doctorant(e) sera sous la direction de Nicolas Bédère (UMRPEGASE), et co‑encadré(e) par Ingrid David (UMRGenPhySE) et Nicolas Friggens (UMRPEGASE). Dans le cadre du co‑encadrement, des séjours à Castanet‑Tolosan (UMRGenPhySE) seront prévus dès qu’ils seront nécessaires. Au sein de Novogen, le/la doctorant(e) sera encadré(e) par Thierry Burlot (directeur R&D) et Lorry Bécot (généticien), des rencontres fréquentes avec les autres membres de l’équipe R&D auront lieu. Le/la doctorant(e) s’inscrira en thèse à l’Institut Agro Rennes‑Angers et à l’école doctorale Ecologie, Géosciences, Agronomie, Alimentation (EGAAL) de l’Université de Rennes1. Formations et compétences recherchées Formation recommandée: Master2 (ou équivalent), avec une spécialisation en génétique quantitative, biostatistiques ou modélisation mathématique. Connaissances souhaitées: Maîtrise avancée des outils statistiques et de la programmation. Des bases en analyse longitudinales seraient un atout majeur. Expérience appréciée: un stage de niveau master avec des activités de recherche en génétique quantitative ou similaire (modèles linéaires mixtes, voire régression aléatoire). Aptitudes recherchées: Rigueur scientifique, curiosité pour les enjeux de la transition agro‑écologique, capacité d’autonomie et aptitudes à la communication pour interagir avec des partenaires industriels et académiques. La maîtrise de l’anglais technique est nécessaire pour la valorisation internationale des travaux. Votre qualité de vie à INRAE Salaire : 28000euros brut (dont 13ème mois) Forfait jour : 218 jours ouvrés (5 semaines de congés payés + complément RTT) Chèques vacances Tickets restaurants Chèques Cadhoc Dispositifs de développement des compétences: formation, conseil en orientation professionnelle Activités sportives et culturelles Restauration collective sur place Égalité d’accès et conditions particulières Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. #J-18808-Ljbffr